双孢蘑菇的形态结构和高等植物相比，有很大不同，虽然根据功能可分为营养器官和繁殖器官两部分，但是从形态结构进化程度上看，和高等植物相比，要简单得多。它由菌丝体和子实体两大部分组成。菌丝体是双孢蘑菇的营养器官，生长在基质中，在自然界野生状态下，菌丝体一般不易发现。菌丝体的作用相当于高等植物的根、茎、叶，为繁殖器官提供营养，为个体的繁育起营养作用，但是它没有叶绿素，不能进行光合作用，只能利用发酵腐熟的有机物去分解、吸收、贮藏、运输营养。子实体是双孢蘑菇的繁殖器官，相当于高等植物的果实，指可供食用的“菇”，其功能是繁殖后代。双孢蘑菇随着子实体的不断成熟，整个子实体会像雨伞一样撑开（这也是伞菌类的共性），并从伞盖下弹射出孢子，孢子萌发生长而成菌丝，菌丝经过不断生长而形成网状的菌丝体。菌丝体在生长到一定程度，积累一定营养后，遇到适宜的环境条件会扭结形成菇蕾进入生殖生长。子实体既能产生孢子，繁衍后代；也能在特定的条件下通过无性繁殖的方式，产生菌丝体。蘑菇的人工栽培可分为两个阶段，从菌种培育至出菇前，包括母种、原种、栽培种的培养、培养基内和覆土层内的菌丝体生长，均为菌丝生长阶段；从覆土、出菇管理（喷水、通风、降温）到采菇结束，为子实体生长发育阶段。但蘑菇的人工栽培不像小麦等高等农作物生产，可把营养生长和生殖生长分为较分明的前后两个阶段，倒是和枸杞等无限花序的植物有点相似（边结果、边抽梢、边开花）。蘑菇子实体的发生是多潮次的，在每潮菇之间菌丝体继续不断地分解、吸收、积累、运输营养。菌丝体营养生长阶段中的菌丝体对堆肥基质的分解、吸收、运送的好坏，营养积累的多少，直接影响子实体生长发育的好坏、栽培产量的高低。

一、菌丝体的形态和结构

双孢蘑菇的菌丝是由子实体产生的担孢子萌发后长成的，担孢子萌发成菌丝，在正常情况下需7～12小时。菌丝靠顶端细胞不断分裂生长而成，菌丝断裂后分枝能力强，就像一些分枝再生能力很强的高等植物一样，把枝条修剪后，会生长出更多的分枝。菌丝不断分裂，分枝生长形成浓密网状的菌丝体，菌丝体呈白色，生长旺盛浓密，像白色的兔毛或羊毛。在显微镜下观察，双孢蘑菇菌丝的形态结构呈长管状，每个细胞就像一个房间一样，细胞由隔膜分开，中间都有一隔膜孔（像房间的门）相通，相互联系在一起。菌丝体因适宜的条件下，会形成较粗的线状体，在线状体的顶端形成小球状的子实体原基，原基继续分化后形成菇蕾。菌丝体因不同生长阶段可分为绒毛菌丝、线状菌丝和束状菌丝三种。绒毛菌丝是指担孢子萌发后的菌丝。线状菌丝是绒毛菌丝生长到一定阶段，在适合的环境条件下形成较粗的呈线状的菌丝，线状菌丝又称为发育菌丝，可直接结成子实体原基。绒毛菌丝不能直接结成子实体原基，必须发育成线状菌丝后才能形成子实体原基。在菌种培养和堆肥的菌丝体培养阶段，主要目的是培养出生活力强，生长旺盛、浓密的绒毛状菌丝，防止线状菌丝的产生。在培养菌丝完成后，通过覆土、出菇管理（水分、温度、通风），促进形成线状菌丝，产生大量子实体原基，才能达到丰产的目的。束状菌丝是菌丝体进一步分化后组成的，子实体由束状菌丝继续分化发育而成。

二、子实体的形态结构

双孢蘑菇子实体成熟后，外形就像一把雨伞，由菌盖、菌柄、菌褶、菌环、孢子等几部分组成。

菌盖：又叫菇盖或菌伞，像雨伞的伞盖，为双孢蘑菇的主要食用部分，又是菌褶生长和产生孢子的所在。双孢蘑菇菌盖直径一般为5～12cm，初期为半球形，后随着子实体生长发育成熟，会像雨伞一样撑开，平展呈伞状。菌盖为白色，表面光滑，干燥时有些菌株表面有鳞片，边缘初期内卷。菌肉白色，损伤后由于氧化作用呈褐色，具有蘑菇特有的香味。

菌褶：蘑菇开伞后，菌盖下面呈辐射排列的片状部分即菌褶。菌褶离生，宽窄长短不等，初为白色，后逐渐变为淡粉红色，随着成熟度的变化而成为紫褐色，开伞后呈暗紫色。菌褶两面为子实层，在显微镜下观察，可见子实层表面着生很多棒状的东西，叫担子，这是担子菌特有的器官，也是分类的依据；担子上生长有二枚担子梗，每枚担子梗上产生一个担孢子，因为一个担子产生两个担孢子所以称为双孢蘑菇。

菌柄：是菌盖的支撑部分，又是给菌盖输送水分和营养的通道。白色，光滑，近圆柱形，中实或中心有白色疏松的“髓”部。

菌膜（幕）：菌膜为菌盖与菌柄间连接的一层薄膜，起保护菌褶的作用。随着子实体成熟度的增加，菌膜逐渐变薄，直至破裂。

菌环：当子实体成熟开伞，菌膜破裂后，在菌柄周围留下一圈环状物即为菌环。菌环单层，白色，生于菌柄中部，易脱落。它在分类学上具有十分重要的价值。

孢子：高等植物传宗接代的有性器官叫种子，蘑菇在进化方面比高等植物要低得多，它的有性繁殖细胞叫孢子，子实体成熟开伞后，菌褶两侧面着生在担子梗上的担孢子便会自动弹射。担孢子遇到适宜条件会萌发，生长成菌丝，进行繁衍。

未成熟的担孢子为白色，逐渐成熟后变为浅褐色或深褐色，担孢子呈椭圆形，光滑，长6～8.5μm，宽5～6μm。栽培过双孢蘑菇的人会发现，当把菌膜快破的子实体采回，放在一张白纸上进行保温保湿，隔一夜后会发现在子实体下面的白纸上呈现圆形咖啡色的孢子印，一个双孢蘑菇子实体可释放数亿个孢子。